Genetic stability of Long Terminal Repeat )LTR) Promoter Function in Human Immunodeficiency Virus type 1 (HIV1)
DOI:
https://doi.org/10.37376/1571-000-021-009الكلمات المفتاحية:
Retrovirus، Lentivirus، HIV1، LTRs، TATAA boxالملخص
يعتبر جزء الـ LTR لفيروس نقص المناعة البشري النمط الأول (1HIV) من أهم المكونات الجينية الفيروسية فيما يتعلق بالتكامل بين عملية النسخ الفيروسي و خلية العائل المصاب. في هذه الورقة قمنا بدراسة التغيرات و الاختلافات الجينية لجزء الـ LTR لفيروس نقص المناعة البشري النمط الأول (1HIV) في 26 سلسلة وراثية من تسعة دول مختلفة بهدف دراسة و وصف العوامل المنظمة للوظائف و الاستقرار الجيني في هذا الجزء من الجينوم الفيروسي. السلاسل الفيروسية المتحصل عليها و المدروسة باستخدام برامج (ClustalW) تبين نوعين من التغيرات الجينية : الأولى عبارة عن استبدال للنيوكليتيدات. النوع الثاني من التغيرات الجينية كان عبارة عن حذف للنيوكليتيدات. دراسة السلاسل الفيروسية لجزء الـ LTR لفيروس الـ1HIV بينت كذلك أن المواقع الفعالة box TATA و عديد الأدنين A الموجدتين في المنطقة R لم يحدث بهما أي تغييرات جينية, بالمقابل وجدت بعض التغييرات في المواقع 1Ap, 2-Ap و AML التي تعد من المواقع المسئولة عن التعبير الجيني لفيروس الـ 1HIV
التنزيلات
المراجع
References
Barros S.C., Andresdottir V., Fevereiro M., 2005. Cellular specificity and replication rate of maedi visna virus in vitro can be controlled by LTR sequences. Arch. Virol. 150: 201–213.
Clements J. E., Zink M.C., 1996. Molecular biology and pathogenesis of animal lentivirus infections. Clin. Microbiol. Rev. 9: 100–117.
De Baar M.P., De Ronde A., Berkhout B., Cornelissen M., Van Der Horn K.H., Van Der Schoot A.M., De Wolf F., Lukashov V.V. and Goudsmit J. 2000. Subtype-specific sequence variation of the HIV type 1 long terminal repeat and primer-binding site. AIDS Res. Hum. Retroviruses 16 (5): 499-504.
Duverger A., Wolschendorf F., Zhang M., Wagner F., Hatcher B., Jones J., Cron R., Sluis R., Jeeninga R., Berkhout B. and Kutsch O. 2013. An AP-1 Binding Site in the Enhancer/Core Element of the HIV-1 Promoter Controls the Ability of HIV-1 To Establish Latent Infection. Journal of Virology 4 (87): 2264–2277.
Felsenstein J. 2002. PHYLIP: phylogeny inference package, version 3.6 (alpha3), University of Washington, Seattle.
Gaillard S., Dinoso J.B., Marsh J.A., Dezern A.E., O'Connell K.A., Spivak A.M., Alwood K., Durand C.M., Ambinder R.F. and Blankson J.N. 2011. Sustained elite suppression of replication competent HIV-1 in a patient treated with rituximab based chemotherapy. J. Clin. Virol. 51 (3): 195-198.
Koulinska I.N., Villamor E., Msamanga G., Fawzi W., Blackard J., Renjifo B. and Essex M. 2006. Risk of HIV-1 transmission by breastfeeding among mothers infected with recombinant and non-recombinant HIV-1 genotypes. Virus Res. 120 (1-2): 191-198.
Lapovok I., Kazennova E., Laga V., Vasilyev A., Matkovskyi I., Mokhnii G., Melnyk T. and Bobkova M. 2010. Direct Submission. T-lymphotropic Viruses Laboratory.
Malatinkova E., Kiselinova M., Bonczkowski P., Trypsteen W., Messiaen P., Vermeire J., Verhasselt B., Vervisch K., Vandekerckhove L. and De Spiegelaere. 2014. Accurate Quantification of Episomal HIV-1 Two-Long Terminal Repeat Circles by Use of Optimized DNA Isolation and Droplet Digital PCR. JCM Journal. 53 (2): 699-701.
Perriere G. and Gouy M. 1996. WWW-query: an on-line retrieval system for biological sequence banks. Biochimie 78: 364-369.
Quinones-Mateu M.E., Mas A., Lain de Lera T., Soriano V., Alcami J., Lederman M.M. and Domingo E. 1998. LTR and tat variability of HIV-1 isolates from patients with divergent rates of disease progression. Virus Res. 57 (1): 11-20.
Ravimohan S., Gama L., Engle E., Zink M. and Clements E. 2012. Early Emergence and Selection of a SIV-LTR C/EBP Site Variant in SIV-Infected Macaques That Increases Virus Infectivity. PLoS ONE Journal 7(8): 1201-12017.
Rodriguez M.A., Shen C., Ratner D., Paranjape R.S., Kulkarni S.S., Chatterjee R. and Gupta P. 2007. Genetic and functional characterization of the LTR of HIV-1subtypes A and C circulating in India. AIDS Res. Hum. Retroviruses 23 (11): 1428-1433.
Saitou N. and Nei M. 1987. The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees. Mol. Biol. Evol. 4: 406-425.
Salvi R., Garbuglia A.R., Di Caro A., Pulciani S., Montella F. and Benedetto,A. 1998. Grossly defective nef gene sequences in a human immunodeficiency virus type 1-seropositive long-term nonprogressor. J. Virol. 72 (5): 3646-3657.
Scriba T.J., de Villiers T., Treurnicht F.K., Zur Megede J., Barnett S.W., Engelbrecht S. and Van Rensburg,E.J. 2002. Characterization of the South African HIV type 1 subtype C complete 5' long terminal repeat, nef, and regulatory genes. Res. Hum. Retroviruses 18 (2): 149-159.
Shah S., Alexaki A., Pirrone V., Dahiya S., Nonnemacher M and Wigdahl B. 2014. Functional properties of the HIV-1 long terminal repeat containing single-nucleotide polymorphisms in Sp site III and CCAAT/enhancer binding protein site I. Virology Journal 11: 92-108.
Shridhar V., Chen Y. and Gupta P. 2014. The CD8 Antiviral Factor (CAF) can suppress HIV-1 transcription from the Long Terminal Repeat (LTR) promoter in the absence of elements upstream of the CATATAA box. Virology Journal 11: 130-139.
Thompson J.D., Gibson T.J., Plewniak F., Jeanmougin F., and Higgins D.G. 1997. The CLUSTAL-X windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignement aided by quality analysis tools. Nucleic Acids Res. 25: 4876-4882.
Trejbalova K., Kovarovq D., Blazkova J., Machala L, Jilich D., Weber J., Kucerova D., Vencálek O., Hirsch I. and Hejnar J. 2016. Development of 5‘ LTR DNA methylation of latent HIV-1 provirus in cell line models and in long-term-infected individuals. Clinical Epigenetics 8: 19-39.
Yan F., Kuang W. D., Li C., Sun, W., Qu D. and Wang J. 2015. Toll-Interacting Protein Suppresses HIV-1 Long-Terminal-Repeat-Driven Gene Expression and Silences the Post-Integrational Transcription of Viral Proviral DNA. PLoS ONE Journal 10(4): 1371-1384.
Zhang Y., Fan M., Geng G., Liu B., Huang Z., Luo H., Zhou J., Guo X., Cai Z. and Zhang H. 2014. A novel HIV-1-encoded microRNA enhances its viral replication by targeting the TATA box region. Retrovirology 11: 23-38.
التنزيلات
منشور
كيفية الاقتباس
إصدار
القسم
الرخصة
الحقوق الفكرية (c) 2024 مجلة العلوم والدراسات الإنسانية - كلية الآداب والعلوم – المرج
هذا العمل مرخص بموجب Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.
