Preparation of probes which lead to the Identification genes that are differentially expressed with retinoic acid (RA) treatment in early Xenopus laevis embryos.
الكلمات المفتاحية:
Retinoic acid، Xenopus embryos، M-probeالملخص
أعداد مجسات (probes) لجينات متأثرة بحمض ال Retinoid المعالج في أجنة الضفدعة )Xenopus laevis ( الأفريقية
Retinoids هو من عائلة ذات الأوزان الجزيئيه الخفيفة والمحببة للماء (hydrophobic) و المشتقه من فيتامين A حمض ال retinoid هو من العوامل المهمة والمتحكمة في التمايز الخلوى و نمو الخلايا الطلائية
العديد من العلماء لاحظوا إن النشاط الحيوي لل retinoid في بيضة الضفدعة وأجنتها المبكرة قادراً علي الارتباط بمستقبلاته (retinoic acid receptors) المحفزة.
حمض ال retinoid اكتشف داخلياً (endogenous) في مراحل مختلفة من أجنة الفقاريات .
العديد من التجارب أوضحت ان ال retiooids له دور في النمو المحوري المركزي وأطراف الفقاريات . الدراسات اوضحت ان زيادة ونقصان ال retinoid قادرة علي أحداث خلل في نمو تلك التراكيب العضوية.
من هنا جاء التفكير في الحصول علي مراحل مختلفة من أجنة ال Xenopus laevis و معالجتها بحمض ال retinoids ومقارنتها بمجموعة أخري غير معالجة . وباستخدام انواع التقنية منها طريقة العرض التمايزي (differential display) و المتضمنة لعملية ال-
PCR و المشتملة علي oligodT)primers و primers أخري منتقاه طبقت الطريقه علي RNA الكلي والمستخلص من كل من الاجنة المعالجة وغير المعالجة وأدت الي التعرف علي أنواع ال mRNAs المتمايزه في النسخ عند المعالجة بال retinoids
فبأدوات الهندسة الوراثيه قمت بعزل حزم (bands ) متمايزة من cDNAs حيث تم حفظها (cloned ) داخل نواقل (Vectors) من البلازمد الحزم المتمايزه تم عرضها و تصویرها حيت بعد ذلك تم تنقيتها والاكثار منها .agarose- & polyacrylamide-gel باستخدام كل من باستخام البكتيريا E.coli.
باستعمال ال primers المناسبة وبعملية ال sequencing تم التعرف علي انواع القواعد المكونة لسلسلة قطع cDNAs المتمايزة والمتأثرة بال- retinoids.
تم تحليل قطع ال cDNAs من حيث وضعيتها في جيناتها بين النهايتين end & 5 end 3. كذلك تمت مقارنة التسلسل القاعدي للقطع بالبحث في ال Gene bank data bases والحصول علي نسبة كبيرة من التجانس القاعدى مع جينات أخري في الضفدعة الأفريقية.
نتائج تجارب النسخ العكسي لل PCR في كل من ال RNA الكلي المعالج وغير المعالج عند استخدام ال primers السداسية العشوائية (random hexanucleotides ) لاول خيط cDNA مع مشاركة primers خاصة specific primers ) صممت من التسلسل القاعدي للقطع المتمايزة لتكوين الخيط الثاني لل - cDNA, دعمت فكرة ان كمية mRNAs للقطع المتمايزة تزداد وتنقص عند وجود ال retinoids
فبهذه النتيجة يمكن استخدام هذه القطع المتمايزة في كل من DNAs المعالج وغير المعالج كمجسات probes ) لايجاد التسلسل القاعدي الكلي بالنظائر المشعة ( full length coding region ) لها كجينات منفصلة عندما يتم المسح بها (screening) في مكتبة ال cDNA الخاصة والمنتمية إلى الضفدعة الأفريقية Xenopus laevis cDNA library).
التنزيلات
المراجع
Birnboim, H. C. and Dolly, J. (1979). A rapid alkaline extraction procedure for screening recombinant plasmid DNA. Nucleic Acid Res. 7, 1513-1523.
Blumberg, B., Jack Bolado, Jr., Fadila Derguini, A. Grey Craig, Tanya A. Moreno, Debabrata Chakravarti, Richard A. Heyman, Jochen Buck, and Ronald M. Evans (1996). Novel retinoic acid receptor ligands in Xenopus embryos. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93, 4873-4878.
Bouillet, P., Oulad-Abdelghani, M., Vicaire, S., Garnier, J., Schuhbaur, B., Dolle'. P. and Chambon, P. (1995). Efficient cloning of cDNAs of Retinoic Acid-responsive Genes in P19 Embryonal Carcinoma Cells and characterization of a Novel Mouse Gene, Stral (Mouse LERK-2/Eplg2). Dev. Biol. 170, 420-433.
Chen, Y., Huang, L., Rusco, A.F. and Solurch, M. (1992). Retinoic acid is enriched in Hensens node and is developmentally regulated in the early
chicken embryo. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89, 10056-10059.
Costaridis, P. Horton, C., Zeitlinger, J., Holder, N., and Maden, M. (1996). Endogenous retinoids in the zebrafish embryo and adult. Dev. Dyn. 205, 41-51.
Creech Kraft, J., Schuh, T., Juchau, M., and Kimelman, D. (1994). The retinoid X receptor ligand, 9-cis retinoic acid, is a potential regulator of early Xenopus development. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 91, 3067-3071.
Giovanna Alfano, Ivan Conte, Tiziana Caramico, Raffaella Avellino, Benedetta Pascal Dolle, Mathias W. Seeliger, and Sandro Banfi (2011).
Vax2 regulates retinoic acid distribution and cone opsin expression in the vertebrate eye. Development, 138, 261-271.
Hogan, B.L.M., Thaller, C. and Eichele, G. (1992). Evidence that Hensens node is a site of retinoic acid synthesis. Nature 359, 237-241.
Ina Strate, Tan H. Min, Dobromir lliev, and Edgar M. Pera (2009). Retinol dehydrogenase 10 is a feedback regulator of retinoic acid signaling during axis formation and patterning of the central nervous system. Development, 136, 461-472.
Jonk, L. J. C., De Jonge, M. E. J., Ver vaart, J. M. A., Wissink, S. and Kruijer, W. (1994). Isolation and Developmental Expression of Retinoic-Acid-Induced genes. Dev. Biol. 161, 604-614.
King, R. W. Jackson, P. K., Kirschner, M. W. (1994). Mitosis in transition. Cell. 79, 563-571.
Kirsten M. Spoorendonk, Josi Peterson-Maduro, Jorg Renn, Torsten Trowe, Sander Kranenbarg, Christoph Winkler, and Stefan Schulte-Merker (2008). Retinoic acid and Cyp26b1 are critical regulators of osteogenesis in the axial skeleton. Development, 135, 3765-3774.
LaRosa, G. J. and Gudas, L. J. (1988a). An early effect of retinoic acid: cloning of an mRNA (Era-1) exhibiting rapid and protein synthesis-independent induction during teratocarcinoma stem cell differentiation. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85, 329-333.
Lee, S. W., Tomasetto, C. and Sager, R. (1991). Positive Selection of candidate tumor-suppressor genes by subtractive hybridization. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 88, 2825-2829.
Liang, P., and Pardee, A. B. (1992). Differential Display of Eukaryotic Messenger RNA by Means of the Polymerase Chain Reaction. Science 257, 967-971.
Lisa L. Sandell, Brian W. Sanderson, Gennadiy Moiseyev, Teri Johnson, Kendra Young, Jean-Philippe Rey, Jian-xing Ma, Karen Staehling-Hampton, and Paul A. Trainor (2007). RDH10 is essential for synthesis of embryonic retinoic acid and is required for limb, craniofacial, and organ development. Genes Dev., 21, 1113-1124
Maniatis, T., Fritsch, E. F., and Sambrook, J. (1982). Molecular cloning: A Laboratory Manual. Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, N. Y.
Means, A. L. and Gudas, L. J. (1995). The Roles of Retinoids in Vertebrate Development. Annu. Rev. Biochem. 64, 201-233.
Muriel Rhinn and Pascal Dolle (2012). Retinoic acid signaling during development.
Development, 139, 843-858.
Naomi Moriya, shinji Komazaki, Shuji Takahashi, chika Yokota and Makoto Asashima (2000). In vitro pancreas formation from Xenopus ectoderm treated with activin and retinoic acid. Development, Growth and Differentiation. 42, 593-602.
Nieuwkoop, P. and Faber, J. (1967). Normal Table of Xenopus laevis (North-Holland, Amsterdam)
Panagiotis A. Tsonis, Melissa Tsavaris, Mindy K. Call, Roshantha A. S. Chandraratna, Katia Del Rio-Tsonis (2002). Expression and role of
retinoic acid receptor alpha in lens regeneration. Development, Growth and Differentiation. 44, 391-394.
Pearson, W. R. and Lipman, D. J. (1988). "Improved tools for biological sequence comparison". Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84, 2444-2448.
Rosa A. Garcia-Fernandez, Claudia Perez-Martinez, Javier Espinosa Alvarez, Alex J. Duran Navarrete, Marria J. Garcia-Iglesias (2006). Mouse epidermal development effects of retinoic acid exposure in utero epidermal thickness. Verterinary Dermatology. 17, 36-44.
Sussie Dalvin, Katsumi Komatsuzaki, Mark A. Anselmo, David E. Kling, Jay J. Schnitzer, T. Bernard Kinane (2004). Retinoic acid decreases fetal lung mesenchymal cell proliferation in vivo and in vitro. Development, Growth and Differentiation. 46, 275-282.
Tsung-Chieh J. Wu, Lai Wang, Yu-Jui Y. Wan (2005). Differential Expression of Retinoic acid Receptor mRNA during Mouse
Embryogenesis Development Growth and Differentiation 34 685-691
You Katsuyama, Hidetoshi Saiga (2003). Retnoic acid affects patterning along the anterior-posterior axis of the ascidian embryo. Development, Growth and Differentiation. 40, 413-422.
التنزيلات
منشور
إصدار
القسم
الرخصة
هذا العمل مرخص بموجب Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.
